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Le Nikhef dédie en effet ses nouveaux clusters de calcul fraichement installés, et actuellement en phase de test, aux efforts de calcul dans la lutte contre le COVID-19. Alors qu’il est normalement destiné au calcul de particules physiques et d’ondes gravitationnelles, le datacenter d’Amsterdam, aux Pays-Bas, offre sa puissance de calcul à l’Université de Washington et son projet Rosetta @home pour tenter de démêler la structure sous-jacente de la protéine via d’importants nœuds de calcul.

L’extension système Lenovo ThinkSystem SR655 a été installée en prévision de flux de données plus importants attendus par le CERN, l’organisation européenne pour la recherche nucléaire où l’important accélérateur de particules du grand collisionneur de hadrons devrait produire jusqu’à dix fois le volume actuel de données. Ainsi la semaine dernière, près de quatre racks ont été déployés avec plus de 3800 cœurs de calcul AMD EPYC et 31 To de mémoire.

Le Nikhef teste déjà l’infrastructure de calcul pour les futurs flux de données, en mettant la puissance de calcul à disposition localement. Ces nouvelles capacités de calcul seront proposées aux Dutch Power Cows, l’équipe de tweakers spécialisée dans le calcul distribué pour des projets mondiaux. En pleine pandémie, l’équipe vise à contribuer à la recherche sur les structures moléculaires du coronavirus.

Le nouveau cluster ainsi annoncé cette semaine fait suite à l’annonce l’an dernier, par le Nikhef, de l’extension de ses centres de données avec un cluster de serveurs Dell EMC PowerEdge R6415 animés par les processeurs AMD EPYC. L’institut contribue à la création de technologies d’avenir où la physique des particules joue un rôle clé dans le développement de l’Internet, de la navigation GPS ou encore en matière d’imagerie médicale et de technologie de détection de pointe.

L’annonce s’inscrit dans la droite lignée des récentes actions d’AMD avec le Lawrence Livermore National Laboratory et Penguin Computing aux Etats-Unis d’Amérique pour mettre à niveau le cluster HPC déclassifié afin de participer à la recherche sur le COVID-19. Le système Corona sera utilisé par le consortium HPC COVID-19, partenariat public/privé américain, qui propose du temps et des ressources de calcul gratuites aux scientifiques engagés dans ce combat et les chercheurs du LLNL.

http://www.amd.com/